以下是(shì)血(xiě)液基(jī)因(yīn)組DNA中(zhōng)提(tí)試劑盒(hé)更詳細的(dí)操作步(bù)驟(zhòu)描(miáo)述(shù),以常(cháng)見的(dí)基於矽膠膜(mó)吸附(fù)柱的試劑(jì)盒(hé)為例:一,實(shí)驗(yàn)前(qián)準(zhǔn)備
- 試劑(jì)與耗(hào)材(cái)
- 檢查試(shì)劑(jì)盒(hé)組分(fēn):裂(liè)解(jiě)液(yè)(Buffer AL/BL),洗滌(dí)液(Buffer AW1/AW2),洗脫液(Buffer AE),蛋白酶K,吸附柱,收(shōu)集管等。
- 自(zì)備物品:無水乙醇(chún)(如(rú)需添加(jiā)到(dào)洗(xǐ)滌(dí)液(yè)中),離(lí)心機,移液(yè)器,1.5mL離心管(guǎn),渦旋振蕩(dàng)器,水浴鍋(或(huò)金屬浴)。
- 樣本(běn)處(chǔ)理
- 使(shǐ)用EDTA抗凝全(quán)血,確保樣本未溶血。若樣(yàng)本(běn)量不足(zú),可用(yòng)生(shēng)理(lǐ)鹽(yán)水(shuǐ)或PBS稀(xī)釋至推薦(jiàn)體積(如(rú)200-500μL)。
二,詳細操(cāo)作(zuò)步驟(zhòu)
步(bù)驟(zhòu)1:紅(hóng)細胞(bāo)裂解(可選(xuǎn),視試(shì)劑盒(hé)設計而定)
- 目的:去除紅細(xì)胞(bāo),保(bǎo)留白(bái)細胞核(hé)。
- 操作(zuò):
- 將(jiāng)全血樣本(běn)轉移至15mL離心(xīn)管(guǎn),加入(rù)3-5倍體積(jī)的(dí)紅細胞(bāo)裂解(jiě)液(yè)(如(rú)Buffer EL)。
- 顛(diān)倒(dǎo)混匀後,室溫(wēn)靜置5-10分(fēn)鐘(zhōng),期(qī)間輕彈(dàn)管底以(yǐ)促進(jìn)裂解(jiě)。
- 2000×g離心(xīn)5分鐘,棄上(shàng)清(qīng)(含(hán)裂解的(dí)紅細(xì)胞(bāo))。
- 重復(fù)上(shàng)述步驟直(zhí)至沉(chén)澱(diàn)呈(chéng)白(bái)色(白(bái)細(xì)胞團塊(kuài))。
步驟2:細胞裂解與(yǔ)DNA釋放
- 目的:裂(liè)解白(bái)細胞,釋放(fàng)基(jī)因組DNA。
- 操(cāo)作:
- 向(xiàng)白(bái)細胞(bāo)沉澱(diàn)中(zhōng)加(jiā)入(rù)200μL Buffer AL(含(hán)蛋白酶(méi)K),渦旋振(zhèn)蕩(dàng)15秒(miǎo)。
- 56℃水浴(yù)孵育10-30分鐘(或根據(jù)試(shì)劑盒(hé)要(yào)求),期(qī)間每隔5分鐘渦旋一次(cì)。
- 孵(fū)育(yù)後短(duǎn)暫離心(xīn),使(shǐ)管蓋(gài)液體(tǐ)回落(là)。
步驟3:DNA結合至(zhì)吸附(fù)柱
- 目的:將(jiāng)DNA吸(xī)附到矽膠膜上。
- 操作:
- 向裂解液中加入200μL無(wú)水(shuǐ)乙醇,渦旋混匀(若試劑盒已(yǐ)預加(jiā)乙醇,則跳(tiào)過此(cǐ)步)。
- 將(jiāng)混(hùn)合(hé)液(yè)轉移(yí)至吸附柱(zhù)(置於2mL收集(jí)管中(zhōng)),8000×g離心1分鐘(zhōng)。
- 棄收集管中(zhōng)廢液,將(jiāng)吸附(fù)柱放(fàng)回原(yuán)收集(jí)管(guǎn)。
步驟4:洗滌純(chún)化DNA
- 目的:去(qù)除(chú)蛋白質,鹽分(fēn)等(děng)雜(zá)質。
- 操作:
- 向吸附柱中加入500μL Buffer AW1,8000×g離(lí)心1分鐘,棄廢液。
- 加(jiā)入(rù)500μL Buffer AW2(含乙醇(chún)),14000×g離心(xīn)3分(fēn)鐘,去除殘留乙醇。
- 重(zhòng)復(fù)離心一次(空(kōng)管),確(què)保(bǎo)吸(xī)附柱(zhù)幹燥。
步(bù)驟5:DNA洗脫與收(shōu)集
- 目的(dí):將純化的DNA從吸附(fù)柱上洗脫(tuō)。
- 操(cāo)作:
- 將吸附(fù)柱轉移至新的1.5mL離(lí)心管,向膜(mó)中央(yāng)加入(rù)100-200μL預熱至65℃的Buffer AE。
- 室溫(wēn)靜置(zhì)5分(fēn)鐘,8000×g離心1分鐘(zhōng)。
- 可(kě)選擇重復洗(xǐ)脫一次以(yǐ)提(tí)高(gāo)回收率(shuài)(將洗脫(tuō)液(yè)重新(xīn)加(jiā)入吸(xī)附柱,再(zài)次離心)。
三(sān),關(guān)鍵注(zhù)意事(shì)項
- 溫度控製
- 蛋白酶K裂(liè)解(jiě)步(bù)驟需在56℃進(jìn)行(háng),溫度過(guò)低(dī)會導致裂解不完全。
- 洗(xǐ)脫液預熱至65℃可提(tí)高DNA洗(xǐ)脫效率。
- 乙醇(chún)添(tiān)加
- 若洗(xǐ)滌液(yè)需自行添(tiān)加(jiā)乙醇,務必使用(yòng)無水乙(yǐ)醇(chún),並確保(bǎo)終濃(nóng)度(dù)符(fú)合(hé)試劑盒要求。
- 離心條(tiáo)件
- 離心速(sù)度(dù)和時(shí)間需(xū)嚴(yán)格遵(zūn)循說明書(shū),避免(miǎn)DNA斷裂或吸附(fù)不(bù)完(wán)全(quán)。
- 避免汙(wū)染
- 所(suǒ)有(yǒu)操作(zuò)應在無菌條件下進行(háng),使(shǐ)用(yòng)無DNA酶的(dí)耗材和移(yí)液(yè)器吸(xī)頭(tóu)。
四,結(jié)果評(píng)估
- 濃度(dù)與純(chún)度:使(shǐ)用(yòng)分(fēn)光光(guāng)度計(jì)測定(dìng)DNA濃度(A260)和純度(dù)(A260/A280=1.8-2.0)。
- 完(wán)整性:通(tōng)過(guò)瓊(qióng)脂糖(táng)凝(níng)膠電泳檢測DNA條帶(dài)(主(zhǔ)帶應(yīng)集(jí)中(zhōng)於(yú)基因(yīn)組DNA大小(xiǎo)區域(yù))。
五,常(cháng)見問題(tí)與(yǔ)解決方(fāng)案(àn)
| 問(wèn)題 | 可(kě)能原(yuán)因 | 解(jiě)決方(fāng)案 |
| DNA濃(nóng)度低(dī) | 樣(yàng)本量不足或裂(liè)解(jiě)不完全 | 增加(jiā)樣(yàng)本量(liáng),延(yán)長裂解時間 |
| A260/A280比(bǐ)值異常 | 蛋白質汙染 | 增加(jiā)洗滌(dí)次數(shù),確(què)保乙(yǐ)醇(chún)去除 |
| DNA降(jiàng)解 | 操作粗(cū)暴(bào)或反復凍融 | 輕(qīng)柔(róu)操(cāo)作,分裝(zhuāng)保存於-20℃ |
通(tōng)過以上(shàng)步驟(zhòu),可(kě)高效提(tí)取高質量(liáng)基因(yīn)組(zǔ)DNA,適用(yòng)於PCR,測序(xù),Southern blot等下遊(yóu)實驗。不同試(shì)劑盒(hé)的具(jù)體操作細(xì)節可(kě)能(néng)略(lüè)有差(chà)異(yì),務必(bì)參(cān)考對應說明書(shū)。